高效联合抗逆转录病毒治疗（HAART）的临床疗效得到了肯定。但HAART不能彻底清除患者体内的艾滋病病毒，患者需终生用药，由此而带来的药物不良反应、依从性、病毒耐药性、经济负担等问题，成为了HAART面临的主要问题和抗病毒治疗失败的主要原因。为解决以上问题，国内外的研究者们致力于开始抗病毒治疗时机的选择、最佳药物组合方案、减少药物不良反应发生等方面的探索。
    开始抗病毒治疗时机的选择
    艾滋病抗病毒治疗并非越早开始越好，需权衡在疾病特定时期不同个体的情况而定。
    目前的研究一致认为，对于CD4+T细胞计数小于200 cells/mm3和出现HIV相关临床症状的患者，应立即开始抗病毒治疗。而对于CD4+T细胞计数大于200 cells/mm3的无症状患者，目前仍无随机对照研究数据明确其最佳治疗时机。但一些大规模队列观察均显示, CD4+T细胞计数小于350 cells/mm3开始抗病毒治疗者进展为AIDS或发生机会性感染的风险，远低于以200 cells/mm3为治疗阈的人群。此外，越早开始抗病毒治疗，对药物急性毒副作用的耐受性也越好。美国卫生与福利部（DHHS）据此在其2007年12月新修订的指南中，推荐对CD4+T细胞计数小于350 cells/mm3和出现HIV相关临床症状的患者进行抗病毒治疗。而对于CD4+T细胞计数大于350 cells/mm3的无症状患者，应权衡利弊决定是否治疗；病毒载量的水平高低对判断治疗时机的意义尚不肯定。
    此外，新指南提出，对于以下患者不考虑CD4+T细胞计数即开始治疗：妊娠女性；HIV相关性肾病患者；同时感染乙肝病毒（HBV）且HBV需要治疗的患者。
    初治药物组合方案的选择
    最新的国际治疗指南提出：大量临床研究证明，基于NNRTI的方案（1NNRTI + 2NRTIs）和基于PI的方案（1或2PI + 2NRTIs） 具有良好的抑制病毒效果，被推荐为开始抗病毒治疗的一线用药；而单药或双药治疗、不含NRTI方案及3NRTIs方案， 由于其抑制病毒效果较差，不推荐使用；2007年新上市的CCR5抑制剂Maraviroc和整合酶抑制剂Raltegravir目前均用于经已有药物治疗病毒学失败的病人，不推荐在初治方案中使用。奈维拉平（Nevirapine）虽然有较严重的皮疹和肝毒性，但是无致畸作用，在可能怀孕的患者中可用来替代依非韦伦（Efevirenz）；Ritonavir-boosted Saquinavir具有同等抗病毒效果，均被推荐为初次治疗患者的一线用药。而新的PI类药物Darunavir（ritronavir-boosted）和Tipranavir（ritonavir-boosted）由于缺乏对初次抗病毒治疗患者疗效的数据支持，暂不推荐用于初次治疗的患者。
    对于初次治疗患者组合方案中药物的具体选择，要考虑个体的情况，包括基础疾病或合并感染；依从性，药物不良反应；怀孕；基因型耐药检测等等。另外选用奈维拉平还要考虑到患者的性别和CD4+T细胞计数情况，CD4+T细胞计数＞250 cells/mm3的女性和CD4+T细胞计数＞400 cells/mm3的男性容易产生严重的肝毒性而不宜选用。
    如何减少药品不良反应发生
    由于HAART不能彻底清除患者体内的病毒，抗病毒治疗一旦起始就应当终生坚持。但长期抗病毒治疗也带来了药物不良反应、病毒耐药性等诸多问题，影响患者的依从性。NRTI类的阿巴卡韦（Abacavir，ABC）引发的超敏反应（ABC HSR）是多器官受累的严重不良反应，用药6周内约有5%～8%的患者发生HSR，是导致患者早期停药的最主要原因。
    研究发现HLA-B*5701与HSR的发生密切相关。PPREDICT-1随机对照研究首次显示，使用ABC前筛查HLA-B*5701与对照组相比能显著降低HSR的发生率。根据该研究，DHSS在其指南中建议在使用含有ABC的抗病毒治疗方案前，应当进行HLA-B*5701筛查以降低发生HSR的风险。
    相关链接：目前已有六大类32种药物通过美国 药品管理局（FDA）认证，分别为核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs）、非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）、蛋白酶抑制剂（PIs）、融合抑制剂（Fusion Inhibitors）、进入抑制剂（EIs）和整合酶抑制剂（Integrase Inhibitors）。

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